一般神经系统都会将肠道讯号传递到大脑中。当肠道的神经系统发生突变时就会送出讯号给大脑，进而引起疼痛感。有一种疼痛是内脏神经高敏感症，即对胃、胰脏或肠道等内脏器官的疼痛具有高度敏感性。另一种疼痛是中枢神经性痛，即中枢神经系统功能因障碍而引发的疼痛。 
 
反复性功能性肠阻塞，有时也称为假性肠阻塞，是指肠道的蠕动突然减慢，其原因不是一般的机械性肠阻塞。医疗团队应该先检查是否为机械性肠阻塞。因为功能性肠阻塞的表征是急烈性的腹胀与疼痛。有时，急性疾病（例如膀胱炎或肺炎）也可能诱发此症状的发生。但是如果没有急性疾病，当神经系统发生变化时也会导致肠阻塞的发生。且这变化也会改变肠道蠕动的方式。医疗团队可以帮助减少功能性肠阻塞的发作，并确定万一发作时的处理方法。 
 
没有任何指标可以表明神经系统是引起肠胃道疼痛的起因，但您孩子的病史信息可以大略地告诉您大概何时会发生。腹痛会有着轻度肠道胀气且在排便前感觉到疼痛但随着排便之后，痛苦就会减轻了。这是因为神经系统的变导致较低程度的胀气也会引起疼痛(即使是轻微的胀气)。神经性止痛药物可以减低这种疼痛感。它也可以降低疼痛发生的频率和程度，但由于没有任何其他的治疗方法可以完全治愈此种疼痛。