患有SNI的孩子有时会出现大脑调控睡眠与清醒时间的功能改变，导致睡眠模式严重紊乱(表现为睡眠过多或过少的情况)。而大脑的这种改变会使得治疗睡眠周期变得更加困难。以下是大脑通路改变时，如何影响睡眠的两种可能解释： 

• 白天可能偶尔会出现难以叫醒孩子而且他们的肌肉张力在降低的情况。这种状况尤其容易发生在非快速动眼睡眠（ｎｏｎ－ＲＥＭ）的第三阶段（即最深层睡眠阶段）。孩子也可能会在睡眠周期结束时突然醒来。
• 因脑部路径改变导致睡眠失调的儿童也可能出现体温偏低和甲状腺激素分泌不足的情况。这些症状并非睡眠过多所致。而是因为「睡眠-清醒路径」会经过大脑中调节体温和荷尔蒙分泌的区域，使得某些症状会同时出现。

人体的生理时钟是随着褪黑激素的分泌而调节的，也就是褪黑激素的分泌量和时间都会影响人的睡眠。生理时钟也是会受到光线有所调节，因此在正常清醒时间利用日光治疗是能帮助夜间的睡眠，并且能提高白天的清醒度。 

如果持续存在睡眠过多的情况，医疗团队应考虑是否有其他的医学原因。药物有可能会导致镇静作用增强，尤其是要考虑到近期是否有新添加的药物。疼痛也会改变睡眠模式，疼痛会导致孩子白天清醒或著睡眠过多（也可能两者兼有 ）。有时，当疼痛缓解或治疗后，孩子可能只需要补上错过的睡眠即可。有时当夜间睡眠不足时也可能导致白天增加睡眠。请参阅“睡眠不足”相关链接。